Um die Ziele der Gemeinsamen Fischereipolitik zu erreichen, muss die Einhaltung der geltenden Vorschriften laufend überwacht werden. Die Überwachung liegt in der Zuständigkeit der EU-Mitgliedstaaten.
In Deutschland ist diese Aufgabe entsprechend der bundesstaatlichen Ordnung auf die Länder und den Bund verteilt. Die Länder sind grundsätzlich für die Fischereiüberwachung an Land und innerhalb des Küstenmeeres von 12 Seemeilen zuständig.
Kontrollmaßnahmen des Bundes
Der Bund sichert die Überwachung auf See in der deutschen Wirtschaftszone jenseits der 12-Seemeilengrenze sowie die Koordinierung der Fischereiüberwachung zwischen den Ländern und dem Bund. Er bedient sich hierzu der Bundesanstalt für Landwirtschaft und Ernährung (BLE), die zu diesem Zweck eine Außenstelle in Hamburg unterhält. Bei der Bundesanstalt laufen insbesondere die für die Überwachung wichtigen Daten z.B. zu den Fängen zusammen. Die Kontrollen auf See wie an Land dienen der Einhaltung der zulässigen Fangmengen und der technischen Erhaltungsmaßnahmen wie etwa zulässige Maschenweiten, zulässiges Fanggerät oder Mindestfischgrößen. Zudem nimmt die Überwachung des Fangaufwands eine immer stärkere Rolle ein. Der Bund unterhält für die Fischereiüberwachung auf See drei hochseetaugliche Fischereischutzboote, die neben dem Dienst in der Nord- und Ostsee zeitweilig im Rahmen internationaler Überwachungsprogramme auch Dienst im Nordatlantik tun.
Damit die geltenden Vorschriften auf EU-Ebene möglichst einheitlich angewendet werden, wurde eine Europäische Fischereiaufsichtsagentur eingerichtet. Diese hat ihren Sitz in Vigo (Spanien) und soll zu einer höheren Effizienz und einer weiteren Harmonisierung der Fischereikontrollen beitragen.
Elektronisches Logbuch
In naher Zukunft werden zur zeitnahen Erfassung der Fangmengen und deren Übertragung an die Kontrollbehörden alle Fischereifahrzeuge über 24 m mit einem elektronischen Logbuch ausgerüstet. 18 Monate später folgen auch die Fahrzeuge über 15 m.
Satellitenüberwachung
Ein wichtiges Hilfsmittel bei der Überwachung der Gemeinsamen Fischereipolitik ist die Satellitenortung. Über Satellit geben die Fischereifahrzeuge regelmäßig Positionsmeldungen an die zuständigen Kontrollbehörden ab. Dadurch kann jederzeit der Aufenthaltsort eines Fischereifahrzeuges bestimmt werden. Hierdurch können insbesondere Sperrgebiete und -zeiten effektiv kontrolliert werden. In der EU müssen alle Fischereifahrzeuge mit einer Länge von mehr als 15 Metern mit einer Satellitenortungsanlage ausgerüstet sein.